一阶段

　　亚磷酸钾使用后，可被植物叶片、根系吸收，运送至植株体内，发挥其直接杀菌功能，同时启动抗病防御系统，待病原菌人侵植株时，刺激植株产生植物防御素从而产生抗病能力。

二阶段

　　当病原菌入侵时，病原菌可被亚磷酸钾侵袭，使病原菌部份被控制住，此时病原菌亦被植物细胞所辨识，而使亚磷酸钾启动防御系统产生植物抗御素及PR蛋白质，直接攻击病原菌，并会发出警讯呼吁其它尚未受侵袭的细胞启动防御系统，继而使多醣类增加额外的蛋白质以加强细胞壁，如此病原菌就会被植物体的反应所压制或杀死。植保素的积累是一种典型的防御反应，而施用亚磷酸钾可以促进植株体内植保素的积累的增加，即亚磷酸钾可以激活植保素参与植株的防御反应，而几丁质酶和葡聚糖酶是植物防御反应的其他成分，属于病程相关蛋白，而这些酶会在作物的叶片、表面伤口或植株的侵染后积累，提高作物对溃疡病的抗病性。

三阶段

　　能够诱导作物发出抗病信号，传递至其它尚未受攻击的细胞启动防御系统；诱导细胞产生木质素，增加细胞壁的厚度。

　　从亚磷酸钾的作用机理可以看出，它大多数时候其实是作为一种生物刺激素在发挥作用，它可能并不会直接作用于病菌，但是，它可以刺激作物形成自身防御体系，相当于动物的疫苗。而且，亚磷酸钾具有内吸上下传导作用，可以在植株木质部和韧皮部进行双向运输，吸收速度快于磷酸态的磷，激活作物产生多酚类物质和活性氧分子，激发防御酶活性，针对作物体内侵染病害有铲除治疗及预防作用，经常使用可大大提高作物的抗逆和抗病能力，改善作物较长病态的转变，提高作物生命力，具有很好的促根、促花、促果作用。